Пассажирский поезд № 539С отправляется со станции "Анапа" в 19:00 (время местное) и через 1 дн. 19 ч. 50 мин., в 14:50 по местному времени, прибывает в пункт назначения "Кострома-Новая". Маршрут движения включает 35 железнодорожных станций. Поезд «Анапа — Кострома» по пути следования делает 33 остановок. Периодичность отправления поезда № 539С по годовому графику: по 7 сентября - нерегулярно, в выборочные дни.