Пассажирский поезд № 539Я отправляется со станции "Кострома-Новая" в 10:05 (время местное) и через 1 дн. 20 ч. 25 мин., в 06:30 по местному времени, прибывает в пункт назначения "Анапа". Маршрут движения включает 33 железнодорожных станций. Поезд «Кострома — Анапа» по пути следования делает 31 остановок. Периодичность отправления поезда № 539Я по годовому графику: по 5 сентября - нерегулярно, в выборочные дни.